Depende de los microbios propios del suelo y el agua subterránea, por lo que no representan ninguna amenaza para la gente en el sitio, ni en la comunidad. Además, los microorganismos que se agrean en el lugar para lograr la bioaumentación suelen morir una vez que desaparecen la contaminación y las condiciones necesarias para la biorremediación. Sin embargo, no siempre se pueden lograr las condiciones óptimas para biorremediar el suelo en el mismo sitio.
De igual forma, las sustancias que se agregan para estimular la biorremediación son inocuas y se añaden solamente en la cantidad necesaria para promover el proceso. A fin de garantizar que el tratamiento esté dando resultado y medir los avances realizados, se analizan muestras de suelo y agua subterránea periódicamente.
